Ο Γιάννης Ιωαννίδης είναι Πρόεδρος και Γενικός Διευθυντής του Ερευνητικού Κέντρου “Αθηνά” καθώς επίσης και Καθηγητής στο Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του  Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών. Τα ερευνητικά ενδιαφέροντά του περιλαμβάνουν Βάσεις Δεδομένων και Πληροφοριακά Συστήματα, Επιστήμη δεδομένων, Αναλυτική Δεδομένων και Κειμένων, Κλιμακώσιμη Επεξεργασία Δεδομένων, Υποδομές Δεδομένων και Ψηφιακά Αποθετήρια,  και Εξατομίκευση και Συστήματα Συστάσεων, θέματα για τα οποία έχει δημοσιεύσει περισσότερα από 160 άρθρα σε κορυφαία περιοδικά και συνέδρια, ενώ κατέχει και τρία διπλώματα ευρεσιτεχνίας. Το έργο του συχνά εμπνέεται από και εφαρμόζεται σε προβλήματα διαχείρισης και ανάλυσης δεδομένων που ανακύπτουν σε βιομηχανικά περιβάλλοντα ή στο πλαίσιο άλλων επιστημονικών πεδίων (Επιστήμες Ζωής, Φυσικές Επιστήμες, Βιοποικιλότητα, Πολιτιστική Κληρονομιά). Είναι συντονιστής των έργων και επικεφαλής του νομικού προσώπου OpenAIRE, η οποία υλοποιεί τις ευρωπαϊκές πολιτικές για την ανοιχτή πρόσβαση σε ερευνητικές δημοσιεύσεις και ερευνητικά δεδομένα, συμμετέχει ως βασικός εταίρος στην εμβληματική πρωτοβουλία Human Brain Project, και συντονιστής ή εταίρος σε δεκάδες άλλα ευρωπαϊκά έργα έρευνας και καινοτομίας. Έχει επίσης ηγηθεί της δημιουργίας νέων διεθνών εταιρειών και τεχνοβλαστών (spin-off).

Ο Γιάννης Ιωαννίδης είναι Fellow των επιστημονικών οργανώσεων ACM και IEEE, μέλος της Academia Europaea, και είναι κάτοχος του ACM SIGMOD Contributions Award και άλλων ερευνητικών και διδακτικών βραβείων. Υπηρετεί ως Γραμματέας/Ταμίας της Association of Computing Machinery (ACM), είναι μέλος του ACM Europe Council, και υποστηρίζει ακαδημαϊκά το ACM Student Chapter του Πανεπιστημίου Αθηνών. Είναι Αντιπρόεδρος του Φόρουμ Ευρωπαϊκής Στρατηγικής για τις Ερευνητικές Υποδομές (ESFRI), είναι εθνικός εκπρόσωπος της Ελλάδας στο ESFRI και μέλος του ESFRI Executive Board, καθώς και εκπρόσωπος του ESFRI στην Ομάδα Προβληματισμού για τις Ηλεκτρονικές Υποδομές e-Infrastructures Reflection Group (e-IRG). Τέλος, ανήκει στο συμβούλιο στρατηγικής διαχείρισης του ελληνικού κόμβου του Δικτύου Λύσεων Βιώσιμης Ανάπτυξης του ΟΗΕ (UN Sustainable Development Solutions Network).